V roce 1940 byly v nemocničních budovách provedeny potřebné opravy, místnosti byly vymalovány, v operačních sálech vyměněn nábytek a instalovány bezestinné lampy, na ostatním nábytku byly obnoveny nátěry, vyměněno instrumentárium. Potíží s přeplněností nemocnice neubývalo, žadatelé o přijetí do ústavu byli často odmítáni nebo odkazováni na pozdější dobu. V roce 1941 byl v celé nemocnici průměrný denní stav 309 pacientů. V okresním správním výboru proběhlo několik jednání, jak nežádoucí situaci čelit. Výnosem okresního úřadu byla dnem 16.února 1942 zřízena v Železném Brodě pobočka semilské nemocnice s 36 lůžky pro pacienty s infekčními chorobami. Personálně byla pobočka vybavena jedním lékařem a dvěma ošetřovatelkami. Pacienti se záškrtem byli dočasně ještě ponecháni v Semilech, ale od 1.července 1942 byli již všichni nemocní s nakažlivými chorobami soustředěni v Železném Brodě. Bývalý infekční pavilon byl využit pro tuberkulózní pacienty. Tím se uvolnily tři místnosti, v nichž bylo zřízeno porodnické oddělení s patnácti lůžky.

Vzhledem k nařízení vybudovat v nemocnici protiletecké kryty, byla podle návrhu arch. Udatného zadána jejich stavba firmě Josef Schejbal za 24 043 K. Kryty byly řešeny tak, aby po válce mohly být využity pro uskladnění ovoce a zeleniny.

Od července 1942 bylo předepsáno vést veškerou nemocniční evidenci německy. Lékaři a někteří zaměstnanci museli skládat zkoušky ze znalostí němčiny. Někteří s tím měli značné potíže.Řídící primář Dr.Beranovský skládal zkoušky přibližně s půlročním odstupem třikrát a ani jednou neobstál. Zemský úřad mu 17. ledna 1944 zastavil služební a platový postup.

V roce 1942 přijala nemocnice rekordních 4388 pacientů. V témž roce bylo do Jilemnické nemocnice přijato 2720 a do nemocnice ve Vysokém nad Jizerou 1343 nemocných. I v době nepřítomnosti Dr.Pluhaře zůstaly specialitou nemocnice operace štítné žlázy, ale semilská nemocnice byla pacienty z širokého okolí vyhledávána i při potřebě náročných operací žaludků a střev, v zimě při sportovních úrazech. Pro potřeby ústavu byl koupen vůz škoda Rapid a 2l.března 1943 dán do provozu.

Dr.Pluhař byl sice I0.1edna 1944 propuštěn z koncentračního tábora, ale byl suspendován a výnosem zemského úřadu z 25.ledna 1944 propuštěn ze služby.
Vývoj v letech 1945 - 1989

Po skončení II. světové války se Dr.Alois Pluhař stal předsedou revolučního Okresního národního výboru v Semilech. Zvolen byl aklamací na ustavující schůzi ONV 12.května 1945. I při této veřejné činnosti ujal se o dva měsíce později své funkce primáře chirurgie a ředitele nemocnice, kterou po pět let nemohl vykonávat z důvodu věznění a zákazu činnosti. Prvních šest operací provedl 13.července 1945, další dny operoval střídavě s Dr. Vintrichem. Dosavadní primář Dr.Vintrich se nemínil při svých zkušenostech smířit s rolí sekundárního lékaře ve venkovské nemocnici a vrátil se do Prahy. Naposledy v Semilech operoval 25.července.

V nemocnici byli hospitalizováni někteří účastníci květnových bojů, prvním byl sovětský voják již 8.května. Brzy byli přijati další spolu s partyzány z Vlastiboře a Rovenska, ale především to byli osvobození vězni z koncentračních táborů, kteří potřebovali pomoc. Prvních patnáct bylo přijato 9.května, k nim přibylo později sedmnáct Poláků a 12 českých bojovníků. Pobočka pro léčení infekčních chorob v Železném Brodě byla v roce 1945 zrušena a z ní převedeno do semilské nemocnice 15 sovětských vojáků.

Dr.Pluhař se v říjnu 1945 své funkce v Okresním národním výboru vzdal a začal se opět plně věnovat své lékařské profesi. Poslední zasedání ONV, které jako předseda řídil, se konalo 3l.října 1945. Rada ONV mu 27.listopadu 1945 přiznala podle dekretu prezidenta republiky č.53 Sb. ze 17.8.1945 odškodné za dobu věznění ve výši 190 302 Kčs.

Nemocnice měla v roce 1945 celkem 238 lůžek ve dvou odděleních - chirurgicko-porodnickém a interním. O pacienty pečovali kromě primářů dva lékaři a 17 ošetřovatelek. Za celý rok se v ústavu vystřídalo přes 3000 pacientů a bylo provedeno 1180 chirurgických zákroků. Koncem roku zbylo v léčení 95 nemocných. Pro převozy měla nemocnice k dispozici dva sanitní vozy.

V roce 1946 bylo přijato 2934 nemocných, z toho 1601 na chirurgii, 1007 na internu, 74 do porodnice a 252 na infekční oddělení. Dalších 1131 osob bylo ošetřeno ambulantně.Chirurgických operací bylo provedeno 1114, z toho laparotomií (operací dutiny břišní) 200, strumy 152, kýly 73. Nápadně se zvýšil počet případů nervových chorob. Při celkovém počtu 59 774 ošetřovacích dnů činila průměrná doba pobytu 19,7 dne. V průběhu hospitalizace zemřelo v nemocnici v roce 1945 182 a v roce 1946 113 lidi. Náklad na jednoho nemocného činil průměrně 91, 60 Kčs, takže jej nebylo možno uhradit z ošetřovací sazby stanovené na rok 1945 a začátkem roku 1946 ve II.třídě na 90 Kčs, ve III.třídě na 46 Kčs. Proto byla denní taxa od 7.května 1946 zvýšena ve II.tř. na 110 Kčs, ve III.tř. na 57 Kčs. Z akce UNRRA byl získán pro nemocnici rentgen, lednička, přikrývky, slamníky,ložní prádlo, velké množství léků a lékařských nástrojů dle výběru Dr.Pluhaře, vše v hodnotě přes 300 tisíc Kčs. Další dodávky UNRRA v hodnotě 200 tisíc Kčs došly v průběhu roku 1947.

Vzhledem k mnohaletým trpkým zkušenostem s přeplňováním nemocnice ozývaly se již ve třicátých letech hlasy, že by bylo potřeba v Semilech postavit novou nemocnici s dostatečnou lůžkovou kapacitou. Po válce zaznívalo toto volání ještě silněji. Dr. Pluhař získával postupně stoupence pro svůj názor, že dosavadní nemocnice je zcela nevyhovující a její rozšíření vzhledem k terénním podmínkám nemožné. Na plenární schůzi Místního národního výboru v Semilech konané v sále kina Jitřenka 14.ledna 1947 oznámil I.náměstek předsedy MNV A.David, že v Semilech bude postavena velká zemská nemocnice nákladem 400 miliónů Kč, město se však musí zavázat, že daruje potřebný pozemek a vybuduje k nemocničnímu komplexu, který má stát na Výstrčce, silnici. Tento závazek městské zastupitelstvo odhlasovalo.

Ve dnech 14.-15.března 1947 se konalo za účasti zástupců ministerstva komisionelní řízení pro výběr staveniště. Úmysl postavit nemocnici na Výstrčce byl opuštěn a jako nejvhodnější byly vybrány pozemky na Letné u lesa Slapu. Návštěva ministra zdravotnictví MUDr. Adolfa Procházky 25.června 1947 v Semilech posílila naděje , že ke stavbě skutečně dojde, protože ministr se o projekt vážně zajímal. Přípravy nabraly na intenzitě. Z rozhodnutí pléna ONV a se souhlasem zemského národního výboru byla vypsána veřejná soutěž na ideový návrh s termínem do 30.dubna 1948.Stavba byla zařazena do pětiletého plánu. Místní národní výbor jednal s majiteli pozemků na Letné o jejich výkupu.

Porota k vyhodnocení soutěže byla svolána na 7.-8.května 1948 do zasedací síně Okresní záložny hospodářské. Do poroty byli pozváni lékařští znalci doc.MUDr.Václav Pačes, MUDr. Ludvík Hofta, MUDr. František Škrha, MUDr. Alois Pluhař, MUDr. Miroslav Plíva, MUDr. Ladislav Patka, techničtí znalci prof.arch. Karel Štipl, Ing.arch. Liboslav Janík, Ing.arch. Jan Krásný, Ing.arch.R.F.Podzemný, Dr. Ing. arcg. Oldřich Hanuš, Ing. arch. Sergej Kočmerževský, Ing. Emil Mach, Ing.Ludvík Kousal, Vladimír Čermák, administrativně hospodářští znalci JUDr. Václav Drdek, JUDr. Miloslav Plachta, zástupci veřejné správy, předseda ONV Petr Puturek, finanční referent ONV Josef Simandl a předseda MNV Jan Slavík. Předsedou poroty byl zvolen Petr Puturek, jeho zástupcem MUDr. Alois Pluhař, zapisovatelem JUDr. Miloslav Plachta.

Po úvodních informacích byly otevřeny obálky se čtyřmi projekty zaslanými Ing.arch. Karlem Tymichem z Prahy, akad.arch.Oldřichem Udatným ze Semil, akad.arch. F.M.Černým z Prahy a společníky akad.arch.F.Míškem a akad.arch.Kamilem Ossendorfem z Prahy. Porota podrobně zhodnotila přednosti i nedostatky jednotlivých projektů a učinila o tom dvanáctistránkový zápis. Závěrem doporučila okresnímu národnímu výboru jako zakladateli nemocnice přijmout projekt akad.arch. Oldřicha Udatného, který získal 69 bodů, zatímco druhý v pořadí, akad.arch. F. Míšek 62 bodů a třetí akad.arch.F.M.Černý 49 bodů. Současně porota navrhla, aby všem projektantům byla vyplacena odměna 40 tisíc Kč.

Akad.arch.Oldřich Udatný řešil nemocnici pro 322 lůžek jako třípatrový monoblok ve tvaru „T“ o obestavěném prostoru 54 tisíc m3 se společnou teplárnou pro nemocnici a sídliště Pojizerských bavlnářských závodů. Budova nemocnice měla být v 1.poschodí přímo propojena koridorem se zdravotním střediskem a na druhé straně s bytovou složkou. Proti připojení zdravotního střediska se vyslovil MUDr. Ladislav Patka zastupující okresní nemocenskou pojišťovnu. Oznámil, že pojišťovna hodlá svůj objekt vybudovat přímo ve městě a nikoliv na odlehlém místě. Projekt počítal v suterénu s ústřední klimatizací, dezinfekční stanicí, vodoléčbou, prosekturou, šatnami, hospodářskými složkami, kuchyní, jídelnou, v přízemí s dětským a kojeneckým oddělením. 1.poschodí bylo určeno pro internu, II.poschodí pro nečistou chirurgii, operační sály a gynekologii, III.poschodí pro čistou chirurgii, knihovnu a konferenční sál. Místní komunikace měla na obou koncích nemocničního areálu navazovat na silnici Semily - Železný Brod.

Další poúnorový vývoj způsobil, že realizace projektu byla odložena, vyškrtnuta z pětiletého plánu a posléze zcela upadla v zapomnění. Nedostatek místa v nemocnici měla zatím alespoň částečně řešit realizace více než patnáct let starého projektu na postavení administrativně-obytného objektu. Stavební povolení vydal Okresní národní výbor 28.srpna 1948. Dvouposchoďový dům s půdorysnou plochou 262.3 m2 stavěl národní podnik československé stavební závody Liberec, stavební správa Semily dva a půl roku. Dům byl kolaudován 1.března 1951 a 5.března předán zdravotním referátem okresního národního výboru do správy nemocnice. V novém objektu s č.p.622, postaveném při silnici před vjezdem do nemocnice, bylo v přizemí pět místností vyhrazeno pro správní kancelář, účtárnu, kancelář hospodáře, přijímací kancelář, další čtyři místnosti byly obytné. V prvním a druhém poschodí se nacházely byty lékařů, ošetřovatelek a dalších zaměstnanců nemocnice. Postavením administrativně-obytného objektu se uvolnily v nemocnici některé prostory a bylo možno uvažovat o uskutečnění dalšího letitého záměru - zřízení dětsko-kojeneckého či porodnicko-gynekologického oddělení. Při komisionelním řízení 17.května 1951 se posuzovaly dvě alternativy, kam toto oddělení umístit, zda do přízemí a I.poschodí hlavní budovy, či do infekčního pavilonu. Konečné rozhodnutí padlo až 25.července, kdy byla zvolena alternativa třetí - umístění do II .poschodí hlavní budovy. Potřebné úpravy provedl Stavební kombinát okresu semilského. Nové oddělení, jehož primářem se stal MUDr. Vomela, mělo 44 lůžek, z toho 27 porodnických a 17 gynekologických.

Velitelství Státní bezpečnosti připravilo začátkem roku 1950 akci s krycím názvem "K" za účelem izolování členů církevních řádů a kongregací. Podle plánu bylo 13.dubna 1950 ve 23 hodin v noci odvezeno z klášterů 830 řeholníků do pěti centralizačních objektů, 67 do střeženého internačního objektu Želiv a 21 těžce nemocných bylo druhý den převezeno do specielně zřízeného internačního oddělení nemocnice v Semilech. Oddělením postupně prošlo nejméně 68 řeholníků. Personál, který mohl do inkarnace vstupovat, byl schvalován krajským výborem komunistické strany. Přístup k řeholníkům střežili příslušníci Bezpečnosti v bílých pláštích. Proč byly právě Semily vybrány za místo vězeňské nemocnice pro řeholníky, se neví. Oprávněně však možno předpokládat, že při výběru hrály roli vyhraněné ateistické názory ředitele nemocnice primáře Dr. Pluhaře a jeho politická orientace.

Dr.Pluhař v roce 1953 těžce onemocněl, 13.1istopadu 1953 byl radou Okresního národního výboru ze své funkce odvolán a odešel do důchodu. Na jeho místo byl radou ONV povolán MUDr. Jaroslav Paroulek. 0 měsíc později bylo internační oddělení v Semilech zrušeno a řeholníci převezeni do nemocnice v Jihlavě, kde pro ně bylo zřízeno zvláštní oddělení se samostatným vchodem a zamřížovanými okny. Primář Dr.Pluhař 15.července 1954 zemřel.

V padesátých letech, za ministra obrany Alexeje Čepičky, byli pracovníci ve zdravotnictví, muži i ženy, zařazeni do armády a dostali vojenské knížky. Vojenské hodnosti jim byly uděleny podle služebního zařazení, takže třeba primář se stal majorem, sekundární lékař kapitánem, zdravotní sestra rotným či staršinou. Absurdní opatření nemělo dlouhého trvání a bylo zrušeno.

Nemocnice a léčebné ústavy byly na základě zákona č. 145/48 zestátněny a 3.července 1951 se vláda usnesla na sjednocení zdravotnictví. Rezortnímu ministrovi uložila učinit taková opatření, aby ke sjednocení došlo do konce roku 1951. Dle zákona č.103/51 z 13.11.1951 byly zřízeny s účinností od 1.1edna 1952 okresní ústavy národního zdraví. 0ÚNZ v Semilech sdružoval okresní nemocenské pojišťovny, nemocnice a lékárny v novou organizační jednotku Nemocnici s poliklinikou v Semilech, jejímž prvním ředitelem se stal MUDr.Jan Bárta, později vystřídaný MUDr.Františkem Dupalem. Součástí semilské nemocnice se stal ošetřovací ústav v Lomnici nad Popelkou u nádraží, později nazývaný „ústav pro nemoci stáří“ s 80 lůžky. V roce 1953 se podařilo do tohoto ústavu, jehož provoz zajišťoval jen ošetřovatelský personál, získat lékaře.

Semilská nemocnice měla v té době 211 lůžek, z toho 79 chirurgie, 20 gynekologie, 25 porodnice, 87 interna. V roce 1957 bylo přijato 5199 nemocných, na chirurgii 2118, na gynekologii 891, do porodnice 521 a na internu 1669. Při porodnici však chybělo oddělení dětské. Od 1.ledna 1958 bylo zřízeno v bývalém infekčním pavilonu oddělení ušní, nosní a krční pod vedením primáře Dr.Kuděje. Aby se tak mohlo stát, musel být snížen lůžkový fond interny na 76 lůžek. Naopak na chirurgii 9 lůžek přibylo, takže celková kapacita ústavu se zvýšila na 229 míst.

V roce 1960 byla provedena celostátně reorganizace okresů a krajů, při niž vznikla současná podoba okresu Semily. Dřívější samostatné OÚNZ Semily (s Lomnicí nad P.), Turnov a Jilemnice splynuly v nový velký okresní ústav národního zdraví se sídlem v Semilech. Nemocnice s poliklinikou v Turnově a Jilemnici zůstaly samostatnými organizačními a hospodářskými jednotkami, ale byly řízeny z OÚNZ Semily. Prvním ředitelen nového 0ÚNZ v Semilech se stal dosavadní ředitel Nemocnice s poliklinikou v Semilech Dr.František Dupal. V dalších letech byl vystřídán Dr.VI.Holasem a Dr. Josefem Sáblem. Vedení Nemocnice s poliklinikou v Semilech převzali po Dr.Dupalovi postupně Dr.Kadlec, Dr.Sábl a Dr.Jenšovský.

Protože nebylo možno očekávat, že dojde k výstavbě nové nemocnice, požádal OÚNZ o přidělení učňovské školy a internátu v Lomnici n. Pop. pro zdravotnické účely. Okresní národní výbor vyhověl a dal v roce 1959 žádaný objekt k dispozici. Po rekonstrukci v letech 1959-1960 se stal detašovanou součástí semilské nemocnice, při čemž po stránce organizační a hospodářské byly obě nemocnice vedeny jako jeden celek. Do Lomnice n.Pop. byla ze Semil přeložena gynekologie a rozšířena na 55 lůžek, dále oddělení ušní, nosní a krční, které získalo v Lomnici 35 lůžek. Nově bylo v Lomnici zřízeno oddělení dětské s 35 lůžky. Ústav pro nemoci stáří s 80 lůžky se změnil na interní odděleni II.

V Semilech bylo v roce 1962 zřízeno v bývalém infekčním pavilonu dvacetilůžkové oddělení kožní (primář Dr.Zrnéčko) a ortopedický ordinariát (Dr.Komprda) Ale již v následujícím roce přišla další reorganizace. Gynekologicko-porodnické a dětské oddělení v Lomnici n. Pop. bylo zrušeno a převedeno do Turnova a Jilemnice. Z dosavadních oddělení zůstalo v Lomnici jen ušní, nosní a krční (ORL). Z Jilemnice však sem bylo přemístěno neurologické oddělení s 50 lůžky a ze Semil kožní s 35 lůžky. Po této změně měla lomnická pobočka 120 lůžek.

V Semilech došlo v roce 1967 k nástavbě bývalého infekčního pavilonu o jedno podlaží a tím získány další prostory pro ubytování zaměstnanců. V roce 1970 byla postavena vrátnice s dispečinkem, garáže, stará márnice přestavěna na údržbářskou dílnu a postavena márnice nová. V roce 1973 bylo reprofilizací chirurgického oddělení zřízeno ortopedické oddělení se 40 lůžky. Chirurgickému oddělení zůstalo rovněž 40 lůžek. V roce 1974 zahájila provoz nově vybudovaná kotelna na lehké topné oleje. Roku 1979 postavena v areálu nemocnice brigádnickou svépomocí montovaná budova ředitelství Okresního ústavu národního zdraví a do ní soustředěny kanceláře rozptýlené v nemocnici i ve městě.

Z důvodu plánované rekonstrukce interního pavilonu byl 1.záři 1984 ukončen příjem pacientů a pavilon postupně vyprázdněn. Spádová oblast nemocnice byla v interním oboru rozdělena mezi Jilemnici a Turnov, aby tamní nemocnice nahradily výpadek lůžkových kapacit v Semilech. Generálním dodavatelem stavby se stal Okresní stavební podnik v Semilech, montáž a dodávku dorozumívacího zařízení pro styk pacientů s personálem provedla Tesla Valašské Meziříčí, montáž technologických zařízení národní podnik Chirana. Rekonstrukce zahrnovala přístavbu objektu pro umístění jednotky intenzivní péče, přestavbu ústředního topení , montáž lůžkového výtahu, zřízení jídelny pro pacienty obnovu vnitřních rozvodů a sítí. Přístrojové vybavení a zařízení bylo celkově modernizováno. Rekonstruovaný interní pavilon byl otevřen 23.března 1987 za účasti představitelů okresu, města a okresní odborové rady. O průběhu výstavby hosty informoval a pavilonem je provázel primář interny MUDr.Tomáš Rubáček. Celkové náklady na modernizaci činily přes 6 miliónů Kčs, z toho vnitřní vybavení stálo více než milión Kčs, přístrojová technika 1,7 mil.Kčs. Vlastní provoz v pavilonu byl zahájen 30.března 1987. Téhož roku byla zahájena a o rok později dokončena výstavba čističky odpadních vod v hodnotě 1,2 mil.Kčs, kterou provedly Vodohospodářské stavby Ústí nad Labem, závod Liberec.